Costruita nel 1297, la chiesa era originariamente dedicata anche al figura di San Pietro, e solo a partire dal 1570 al solo San Francesco.
Alcune fonti attribuiscono la creazione della chiesa a Sant’Antonio da Padova, mentre era in visita sulla strada per Varese.
Si deve invece ai Francescani, presenti a Saronno fin dal 1286, la successiva creazione della cappella dedicata alla Immacolata Concezione, reailizzata nel 1400.
Originariamente , alla chiesa era affiancato un monastero di conventuali, datato 1230 e poi soppresso da Napoleone Bonaparte nel 1797.
Nel sul finire del 1800 il cav. Felice Carcano fa un atto di donazione, lasciando San Francesco alla fabbriceria della chiesa Prepositurale.
Nel 1931 il Ministero dell’Educazione nazionale include S. Francesco nell’elenco delle chiese di interesse nazionale.